税務調査｜福岡の税理士｜野村税理士事務所

「税務調査の連絡が来たらどうしよう」「うちの会社（自分）は税務調査の対象になりやすいのだろうか」——税務調査は、法人にも個人事業主にも行われる可能性があり、いつ自分の会社に来ても不思議ではありません。

結論からお伝えすると、税務調査は税金を正しく申告・納付していれば、過度に恐れる必要はありません。大切なのは、調査の流れや事前準備について知っておくことと、日頃から帳簿や証憑を整理し、説明できる状態にしておくことです。

この記事では、税務調査の種類、時期、調査が入りやすい個人・法人の特徴、任意調査の流れ、準備しておくべきもの、申告漏れがあった場合のペナルティ、そして税理士に立会いを依頼するメリットまで、福岡の税理士がわかりやすく解説します。

税務調査とは

税務調査は、申告内容が正しいかどうかを帳簿などで確認し、申告内容に誤りが認められた場合や、申告する義務がありながら申告していなかったことが判明した場合には、是正を求めるものです。

国税庁ホームページより

税務調査とは、納税者が正しく税務申告を行っているかを税務署が調査するものです。毎年、一定の割合の納税者が税務調査の対象になっています。調査で「申告漏れ」の指摘を受けて修正申告をした場合は、延滞税や加算税というペナルティが課されます。

一般的に個人事業主が調査に入られる頻度は法人より低いといわれますが、法人の税務調査は5〜10年に一度程度のペースで実施されることが多いとされます。法人として事業を運営している場合は、日頃から税務調査への備えを考えておくとよいでしょう。

税務調査が行われる目的は、単に追徴課税を取ることではなく、正しく申告・納税している納税者との公平性を保つことにあります。すべての事業者を毎年調査することは現実的ではないため、税務署は限られた人員の中で、申告内容に疑問がある先を優先して調査する仕組みになっています。裏を返せば、日頃から適正に申告し、必要な資料をきちんと残している事業者は、過度に心配する必要がないということでもあります。

税務調査の種類｜任意調査と強制調査

税務調査には、大きく分けて「任意調査」と「強制調査」の2種類があります。任意調査は、税務署職員が申告内容を確認するために行うもので、税務調査の大半がこのパターンです。5〜10年に一度程度の頻度で、2〜3日ほどかけて帳簿などを確認します。

国税庁の職員には、必要なときに納税義務者へ質問・検査等ができる質問検査権が与えられています。“任意”調査とはいえ、正当な理由なく調査を拒否したり帳簿を見せなかったりすると、法律で定められた罰則があるため、実質的には応じる必要があると考えてよいでしょう。税務代理を委任された税理士等に立ち会ってもらうことも可能です。

一方、強制調査は、国税局査察部（通称「マルサ」）が裁判所の令状を持ち、事前連絡なく強制的に行うものです。巨額の脱税など悪質性が高く、事前に通知すると証拠隠滅のおそれがある場合に行われ、拒否はできません。強制調査の対象となるのは、意図的かつ大規模な脱税が疑われるごく一部のケースに限られており、日常的に適正な申告を行っている事業者にとっては、任意調査への備えを考えておけば十分です。

また、税務署内で申告内容を確認し、実地調査を行うかどうかを判断する「準備調査」という段階もあります。準備調査の結果、疑問点が解消されれば、実地調査に至らないまま終わることもあります。

税務調査が入りやすい個人・法人の特徴

対象	調査が入りやすいとされる主な特徴
個人	申告書の不備／無申告／税理士を使わず自分で確定申告／相続財産が多額／飲食店・建設業・IT関連業など特定の業種／FXや暗号資産など投資による所得が多い
法人	売上の変動が大きい／同業他社と比べ利益率が大幅に低い／売上増加に対して利益が少ない／計上額が前年度と大幅に異なる

税務調査は一般的に5〜10年に1回程度といわれますが、実際には毎年のように調査が入る事業者もあれば、長期間調査されない事業者もあります。これは、税務署が保有するデータをもとに、申告内容に不自然な点がないかを事前にスクリーニングしているためと考えられます。

税務調査が行われる時期そのものに明確な決まりはありませんが、個人事業者であれば所得税の確定申告期間（2月16日頃〜3月15日頃）やその前後は調査が入りにくく、確定申告時期が明けた4〜5月ごろや、税務署の人事異動が落ち着く7〜11月ごろに多い傾向があるといわれます。いつ調査が入っても対応できるよう、日頃から準備しておくことが大切です。

なお、上の特徴に当てはまるからといって必ず調査対象になるわけではなく、逆に当てはまらないからといって調査が来ないとも限りません。あくまで一般的な傾向として押さえたうえで、「該当するかどうか」よりも「聞かれたときに説明できる状態か」を日頃から意識しておくことが実務的な対策になります。

税務調査（任意調査）の流れ

1. 事前通知

税務署から、調査を行う旨の事前連絡があります。内容は「開始日」「開始場所」「調査の目的」「調査対象税目」「調査対象期間（直近3期分など）」などです。税理士が税務代理権限証書を添付して申告していた場合は、税理士にも連絡が入ります。

2. 日程調整

事前通知の後、税務署と調査実施日を決めます。都合が悪い場合は調整してもらうことも可能です。顧問税理士がいない場合や対応に不安がある場合は、この段階で税理士を探すことをおすすめします。

3. 書類準備

調査前に、必要書類を揃えます。顧問税理士がいる場合は、揃えるべき資料や申告内容を事前に打ち合わせ、当日聞かれそうなことも想定して準備しておきます。

4. 調査当日

多くの場合、調査は2〜3日間にわたって行われ、1日の調査時間は午前中から夕方頃までです。代表者や経理責任者は、質問に答えるために同席する必要があります。すべての日程で必ず事業所を訪問するとは限らず、初日以降は書類を預かって税務署内で確認が進むケースもあります。

5. 指摘への回答

実地調査が終わっても、税務調査はまだ続きます。調査結果を踏まえた指摘や質問に対し、資料の準備・回答などのやり取りを行い、追加の資料提出を求められることもあります。顧問税理士がいる場合は税理士が交渉を行うのが一般的です。交渉が終わり結果が決まるまで、1か月以上かかることも珍しくありません。

6. 調査結果

結果には「申告是認」（申告内容に問題なし）、「修正申告」（指摘を認めて自分で申告し直す）、「更正」（納税者が指摘に納得せず、税務署側が税法の規定にもとづき課税処分を行う）の3つがあります。修正申告を行うと、その内容について「不服の申立て」はできなくなる点に注意してください。

税務調査の注意点と準備しておくべきもの

準備しておきたい書類	内容の例
決算書類	損益計算書、貸借対照表、補助帳簿、試算表など
税務申告書類	所得税・法人税・消費税等の申告書とその添付書類
帳簿類	総勘定元帳、仕訳帳、現金出納帳、預金出納帳、売掛帳、買掛帳、給与台帳、棚卸帳など
領収書・請求書・契約書	取引や経費の証明となる書類
銀行取引明細	通帳、銀行口座の取引明細、クレジットカードの利用明細など
許可証・免許のコピー	事業に必要な許可証・免許を持っている場合
給与関係書類	給与支払証明書、源泉徴収票など

調査官がすべての書類に目を通すとは限りませんが、準備してほしいと要望されたものはすぐに取り出せるよう、あらかじめ整理しておきましょう。帳簿書類の保存期間は、個人事業主の場合は原則7年です。法人の場合も原則7年ですが、青色申告で欠損金（繰越欠損金）が生じた事業年度の帳簿書類は、繰越控除に合わせて10年間の保存が必要です。

また、調査官は聞き取りのプロです。世間話のような会話から情報を引き出されることもあるため、警戒しすぎて何も答えなかったり、つじつまの合わないことを言ったりすると、かえって疑いを招くことがあります。感情的にならず、正しいことは冷静に主張するよう心がけましょう。帳簿を電子化しておくと、書類を探す手間が減り、調査対応の負担軽減にもつながります。

申告漏れがあった場合のペナルティ

税務調査の結果、申告漏れが見つかった場合は修正申告（または更正）が必要になり、次のようなペナルティが課されます。

加算税の種類	内容	税率の目安
無申告加算税	期限内に申告していなかった場合	税務調査を受けてからの申告：50万円までの部分15%、50万円超300万円までの部分20%、300万円超の部分30%（調査の事前通知後・調査前の自主申告はより低い税率）
過少申告加算税	申告はしたが納税額が本来より少なかった場合	税務調査を受けてからの修正：新たに納める税額の10%（当初申告額と50万円のいずれか多い額を超える部分は15%）
重加算税	仮装・隠蔽など、悪質な過少申告・無申告があった場合	過少申告加算税に代えて35%、無申告加算税に代えて40%（過去5年以内に同様の無申告等があった場合はさらに重くなる）
延滞税	納税が遅れたことに対する利息にあたるもの	納期限からの日数に応じて課される（税率は年により変動）

なお、税務署からの調査の事前通知を受ける前に自主的に期限後申告・修正申告をした場合は、上記より低い税率（無申告加算税5%、過少申告加算税5%など）で済むケースもあります（国税庁 タックスアンサーNo.2024、同No.2026）。申告漏れに気づいたときは、調査の連絡が来る前に自主的に対応することが、結果的に負担を軽くすることにつながります。

たとえば、税務調査を受けてから300万円の申告漏れ（過少申告）が発覚した場合、本税とは別に過少申告加算税だけでも数十万円単位になる計算です（当初申告額と50万円のいずれか多い額を超える部分は15%、それ以外は10%）。これに延滞税が加わるため、申告漏れは早期に気づいて自主的に直すほど負担が軽くなります。

さらに、仮装・隠蔽（売上の意図的な除外や架空経費の計上など）があったと認定されると、加算税に代えて重加算税が課され、金額も大きくなります。悪意がなくても、単純な集計ミスや解釈の相違が「重加算税」と評価されないよう、日頃から根拠資料を残し、判断に迷う処理は事前に税理士へ相談しておくことが重要です。

税務調査を税理士に依頼するメリットと、これからの傾向

税務調査においては、税理士の支援を受けることが望ましいといえます。税理士は納税者の代理人として調査に対応し、次のようなメリットがあります。

• 税法や会計の専門知識を活かし、複雑な論点にも適切に対応できる
• 書類の提出や説明のやり取りを任せられ、事業者は本業に専念できる
• 税務署との交渉経験を活かし、円滑な交渉が期待できる
• 調査後も、指摘を踏まえた改善策のアドバイスを受けられる
• 税理士が間に入ることで、事業者と調査官の緊張感がやわらぐ

日頃から顧問税理士と相談しながら正しい納税を行っておくことは、結果的に調査での負担を軽くすることにもつながります。顧問税理士がいる場合、税務署からの連絡や質問を税理士宛てにしてもらうこともでき、税理士が疑問点に明確に対応できれば、実地調査自体の負担が小さくなる場合もあります。税務調査は一度で終わりではなく、事業を続けていく中で今後も対象になる可能性があるため、単発の対応というより、継続的なお付き合いの中で備えていくものと捉えるとよいでしょう。

AIを活用した税務調査へのシフトという傾向

近年、国税庁は申告データや法定調書などの情報をシステムやAIで分析し、事務運営の効率化を進める取り組みを紹介しています（国税庁レポート2026）。今後は、こうしたデータ分析の活用によって、調査対象の選定がより的確になっていく可能性があると一般的にいわれています。個々の調査でどのような基準が使われているかは公表されていないため断定はできませんが、日頃から正確な記帳と申告を行っておくことの重要性は、今後も変わらないといえるでしょう。

野村税理士事務所の税務調査サポート

こんな方に	サポート内容の例
顧問税理士がおらず不安	スポットでの立会い・事前相談に対応
顧問契約中で調査の連絡が来た	事前の書類確認・想定問答の準備、当日の立会い
過去の申告に誤りがあるかもしれない	自主的な修正申告のご相談・サポート
日頃から調査に強い体制にしておきたい	月次でのチェックを通じた記帳・申告内容の適正化

顧問契約をいただいている場合、税務調査の対応は基本的に顧問契約の範囲内でサポートいたします。顧問契約がない方のスポットでの立会いなど、料金の詳細は料金表ページをご覧いただくか、無料相談でお問い合わせください。ご相談は薬院駅から徒歩2分の事務所へのご来所のほか、全国オンラインでも承っており、福岡市内全域とその近隣地域であればご訪問しての打合せにも対応しています（それ以外の地域は、オンラインまたはご来所でのご相談となります）。

税務調査に関するよくある質問

質問	回答
顧問税理士がいなくても調査当日だけ立会いを依頼できますか？	対応可能な場合があります。まずは早めにご相談ください。
個人事業主でも税務調査は来ますか？	来る可能性はありますが、一般的に法人より頻度は低いといわれています。
調査を断ることはできますか？	任意調査も正当な理由なく拒否すると罰則があるため、実質的には応じる必要があります。
過去の申告に誤りがあるかもしれません。相談だけでもできますか？	もちろん可能です。自主的な修正は調査後より負担が軽くなる場合があります。
相談は無料ですか？	初回のご相談は無料です。
調査で指摘されたら必ず追徴課税になりますか？	「申告是認」となり指摘なく終わることもあります。適正な申告であれば過度に心配する必要はありません。

まとめ

税務調査は、申告内容や納税額が適正かどうかを確認する手続きであり、適正に申告できていれば問題ないものです。とはいえ、自分だけで明確な説明や対応ができるか不安に感じる方も多いでしょう。むしろ、税務調査で特に指摘を受けずに終わることは、日頃の会計処理が適切であることの証明にもなり、金融機関からの信頼にもつながります。

不安な場合は税理士のサポートを受けて、日頃の適正な会計と、調査当日の対応を適切に行い、事業に注力しましょう。連絡が来てから慌てるのではなく、事前の相談・準備の段階から動くことが、結果的に一番の近道です。

税務調査への対応にご不安がある方、事前に準備や相談をしておきたい方は、お気軽にご相談ください。お電話でのお問い合わせは平日10:00〜17:00です。

参考資料：国税庁「確定申告・税務手続き」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/index.htm ／ 国税庁 タックスアンサーNo.2024・No.2026 ／ 国税庁「帳簿書類等の保存期間」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5930.htm ／ 国税庁レポート2026 https://www.nta.go.jp/about/introduction/torikumi/report/report2026/index.htm